Sekwencjonowanie nowej generacji

Przegląd metod NGS

Podczas gdy metodologia i odczynniki dla NGS stale ewoluują, istnieje obecnie wiele systemów NGS, które są dostępne dla naukowców. Powszechnie stosowane platformy obejmują kilka krytycznych etapów przepływu pracy NGS, w tym przygotowanie próbki lub biblioteki, generowanie klastrów, sekwencjonowanie i analizę danych. Przygotowanie próbki zazwyczaj obejmuje amplifikację DNA lub dodanie łączników sekwencji lub adapterów. Generowanie klastrów każdej sekwencji DNA odbywa się, gdy DNA zawierające kowalencyjnie przyłączony łącznik hybrydyzuje z powierzchnią stałą w celu amplifikacji mostkowej PCR lub za pomocą alternatywnych metod, takich jak emulsyjna PCR. Ponadto istnieje wiele metod sekwencjonowania DNA, w tym sekwencjonowanie przez ligację, sekwencjonowanie przez syntezę, pirosekwencjonowanie i sekwencjonowanie półprzewodników jonowych. Każda metoda sekwencjonowania obejmuje różne etapy reakcji i chemikalia, które ostatecznie określają długość każdej sekwencji (długość odczytu), poziom błędu i koszt odczynników.

Podejścia analityczne do analizy danych NGS

Ostatnim elementem wszystkich przepływów pracy NGS jest krytyczny etap analizy danych, który ma miejsce po sekwencjonowaniu. Podczas gdy każda platforma NGS i przepływ pracy wytwarzają ogromną ilość informacji cyfrowych przechwyconych na komputerach, surowy zestaw danych musi zostać przeanalizowany przez bioinformatyków przy użyciu stale rosnącej liczby narzędzi analitycznych do wyrównywania i mapowania odczytów, takich jak Bowtie, Galaxy i wiele innych. Wiele osiągnięć w dziedzinie technologii NGS wynika z połączenia wielu dziedzin nauki w celu opracowania i optymalizacji analizy i interpretacji tak dużych zbiorów danych. W zależności od konkretnych potrzeb, naukowcy są teraz w stanie korzystać z tych potężnych narzędzi do sekwencjonowania całych genomów, egzomów lub transkryptomów do badań podstawowych i badań nad chorobami.