Giải trình tự thế hệ tiếp theo

Tổng quan về phương pháp NGS

Trong khi phương pháp và thuốc thử cho NGS đang liên tục phát triển, hiện nay có rất nhiều hệ thống NGS có sẵn cho các nhà nghiên cứu. Các nền tảng thường được sử dụng kết hợp việc sử dụng một số bước quan trọng trong dòng công việc NGS, bao gồm chuẩn bị mẫu hoặc thư viện, tạo cụm, sắp xếp trình tự và phân tích dữ liệu. Chuẩn bị mẫu thường liên quan đến khuếch đại DNA hoặc bổ sung các liên kết trình tự hoặc adaptor. Tạo cụm của mỗi chuỗi DNA là khi DNA chứa liên kết gắn cộng hóa trị lai với một bề mặt rắn để khuếch đại PCR cầu, hoặc bằng các phương pháp thay thế như PCR nhũ tương. Ngoài ra, có nhiều phương pháp giải trình tự DNA, bao gồm giải trình tự bằng cách phối tử, trình tự bằng tổng hợp, pyrosequencing, và sắp xếp trình tự ion semiconductor. Mỗi phương pháp trình tự liên quan đến các bước phản ứng và hóa học khác nhau mà cuối cùng xác định độ dài của mỗi chuỗi (độ dài đọc), tỷ lệ lỗi và chi phí thuốc thử.

Phương pháp phân tích cho Phân tích dữ liệu NGS

Yếu tố cuối cùng cho tất cả các dòng công việc NGS là bước phân tích dữ liệu quan trọng xảy ra sau khi sắp xếp trình tự. Trong khi mỗi nền tảng NGS và quy trình công việc tạo ra một lượng lớn thông tin kỹ thuật số thu được trên máy tính, bộ dữ liệu thô phải được phân tích bởi các nhà cung cấp tin sinh học sử dụng số lượng công cụ phân tích liên tục tăng để căn chỉnh và lập bản đồ đọc, chẳng hạn như Bowtie, Galaxy và nhiều công cụ khác. Nhiều phát triển trong lĩnh vực công nghệ NGS đã đến từ sự hợp nhất của nhiều lĩnh vực khoa học để phát triển và tối ưu hóa phân tích và giải thích các tập dữ liệu lớn như vậy. Tùy thuộc vào nhu cầu ứng dụng cụ thể, các nhà nghiên cứu hiện nay có thể sử dụng các công cụ mạnh mẽ này để sắp xếp toàn bộ bộ bộ gen, ngoại bào hoặc sao chép cho các nghiên cứu cơ bản và bệnh tật.