Sekvenování nové generace

Přehled metod NGS

Přestože se metodika a činidla pro NGS neustále vyvíjejí, je nyní výzkumníkům k dispozici řada systémů NGS. Běžně používané platformy zahrnují použití několika kritických kroků pracovního postupu NGS, včetně přípravy vzorků nebo knihoven, generování klastrů, sekvenování a analýzy dat. Příprava vzorku obvykle zahrnuje buď amplifikaci DNA, nebo přidání sekvenčních linkerů či adaptérů. Ke generování klastrů jednotlivých sekvencí DNA dochází, když se DNA obsahující kovalentně připojený linker hybridizuje na pevný povrch pro amplifikaci můstkovou PCR nebo alternativními metodami, jako je emulzní PCR. Kromě toho existuje mnoho metod sekvenování DNA, včetně sekvenování ligací, sekvenování syntézou, pyrosekvenování a iontového polovodičového sekvenování. Každá metoda sekvenování zahrnuje různé reakční kroky a chemie, které v konečném důsledku určují délku každé sekvence (délku čtení), chybovost a náklady na činidla.

Analytické přístupy pro analýzu dat NGS

Závěrečným prvkem pro všechny pracovní postupy NGS je kritický krok analýzy dat, který nastává po sekvenování. Zatímco každá platforma a pracovní postup NGS produkují obrovské množství digitálních informací zachycených na počítačích, soubor surových dat musí být analyzován bioinformatiky pomocí neustále rostoucího počtu analytických nástrojů pro zarovnávání a mapování čtení, jako jsou Bowtie, Galaxy a mnoho dalších. Mnohý vývoj v oblasti technologií NGS vzešel ze spojení mnoha vědeckých oborů s cílem vyvinout a optimalizovat analýzu a interpretaci takto velkých souborů dat. V závislosti na konkrétních potřebách aplikace jsou nyní vědci schopni používat tyto výkonné nástroje k sekvenování celých genomů, exomů nebo transkriptomů pro studie základního výzkumu a výzkumu nemocí.