อีทิเดียมโบรไมด์

What is ethidium bromide?

Ethidium bromide (EtBr) เป็นสีย้อมเรืองแสงที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการวิจัยชีววิทยาโมเลกุล การใช้งานในช่วงแรกเป็น trypanocide สัตวแพทย์¹⁴ มันเป็นสารประกอบกลายพันธุ์ที่ประสาน DNA และ RNA คู่ติดกัน^1,10 การเรืองแสงของ EtBr เพิ่มขึ้น 21 เท่าเมื่อมีผลผูกพันกับ RNA ที่ติดอยู่สองชั้น 25 เท่ากับดีเอ็นเอที่ติดอยู่สองชั้น (แม้ว่าบล็อก higstones จะมีผลผูกพันของ EtBr กับ DNA) Ethidium bromide ถูกนำมาใช้ในการวิเคราะห์ฟลูออรีเมตริกหลายชนิดสำหรับกรดนิวคลีอิก^15,16,17 ได้รับการแสดงให้เห็นว่าผูกกับดีเอ็น เอเดี่ยวควั่น (แม้ว่าจะไม่เป็นอย่างมาก) 2 และดีเอ็นเอสามควั่น¹⁸ เนื่องจากมีผลผูกพันกับ DNA EtBr จึงเป็นตัวยับยั้งที่มีประสิทธิภาพของ DNA polymerase⁴

• โมเลกุลชีววิทยาเกรดผง (หมายเลขผลิตภัณฑ์ E7637)เหมาะสำหรับใช้ในกระบวนการแยกเจลอิเล็กโทรโฟเรซิสและดีเอ็นเอ
• สารละลายในน้ำ 10 มก./ มล.) (หมายเลขผลิตภัณฑ์ E1510) เหมาะสำหรับใช้ในกระบวนการแยกเจลอิเล็กโทรโฟเรซิสและดีเอ็นเอ
• สารละลายในน้ำเกรดอณูชีววิทยา (500 มก./มล.) (หมายเลขผลิตภัณฑ์ E1385) เหมาะสำหรับใช้ในเจลอิเล็กโตรโฟเรซิส

Synonyms: 3,8 ไดอามิโน 5 เอทิล 6 phenylphenanthridinium bromide; 2,7 ไดอามิโน 10 เอทิล 9 phenylphenanthridinium bromide; Homidium Bromide; Dromilac; EtBr

Ethidium bromide product details

Appearance: ผงสีแดงเป็นสีม่วง
สูตรโมเลกุล: C₂₁H₂₀N₃Br
มวลโมเลกุล:
255-266°C พร้อมการสลายตัว^1,2

Spectral data:
การดูดซับ UV/Vis:
Maxima ที่ 210 nm, ^EMM = 0.20 - 0.5 285 nm, ^EMM = 5.0 - 10 0 nm, 316 nm,^EMM = 50 นาโนเมตร ; 343 นาโนเมตร, ^EMM = 40.0 (น้ำ)³
 

   0.66 สเปกตรัมการดูดซึมที่ตีพิมพ์ (เมทานอล) ที่มี λ mA XAT 296 นาโนเมตรและ 525 นาโนเมตร 1 λ สูงสุด = 475 นาโนเมตร, EMM = 5.76 (บัฟเฟอร์ glycine 0 เมตร)⁴

ผลของตัวทำละลายต่อ
การดูดซับ: λmax = 480 นาโนเมตร (น้ำ); 515 (กลีเซอรอล); 520 นาโนเมตร (เมทานอล): 520 nm (อะซีโตน); 532 nm (เอทานอล); 535 (DMSO) และ 540 nm (ไพริดีน).5 การดูดซับสูงสุดเมื่อเทียบกับน้ำจะเปลี่ยนเป็นความยาวคลื่นที่ยาวขึ้นเมื่อผูกกับกรดนิวคลีอิก 6,7

ความยาวคลื่นการกระตุ้นด้วยฟลูออเรสเซนซ์/การปล่อยก๊าซที่รายงานสำหรับกรด EtBr-nucleic complex:
เช่นที่ 526 nm, EM ที่ 605 nm (น้ำ) 8
Ex ที่ 360 nm, EM ที่ 590 nm (ใน PBS) 9
Ex ที่ 525 nm, EM ที่
11 nm (TBE 10 มม., pH 8.0) 10 Ex (การดูดซึม) ที่ 510 nm, EM ที่ 590 nm 600

EX (การดูดซับ) ที่ 482 nm (สีน้ำเงิน - สีเขียว), EM ที่ 616 nm (สีแดง - สีส้ม).12 อัตราการเรืองแสงของ EtBr จะเพิ่มขึ้นเมื่อขั้วของตัวทำละลายลดลง 13

Storage: ผงของแข็งแสดงการเปลี่ยนแปลงน้อยที่สุดหลังจากเก็บไว้ที่อุณหภูมิห้องสองปีป้องกันจากแสง

วิธีการกำจัดที่ดีที่สุดที่แนะนำคือโดยการเผาตามที่กล่าวไว้ใน โซลูชันการประมวลผล SDS 23 ผ่าน Rohm และ Haas Amberlite XAD- เรซิ่น 16 ได้รับการแสดงให้เห็นว่ามีประสิทธิภาพในการจำกัดการตรวจจับโดยไม่มีโซลูชันที่ผ่านการปนเปื้อนอย่างสมบูรณ์ที่พบว่า เป็น mutagenic 24,25 เรานำเสนอ XAD- 16 เป็นผลิตภัณฑ์จำนวนมาก รวมถึงผลิตภัณฑ์หลายอย่างที่ดูดซับสีย้อมเพื่อการกำจัดที่ง่ายขึ้น โปรดดูตลับหมึก Rezorian A161 (หมายเลขผลิตภัณฑ์ 5761 1 หรือ 57610) และ Extractor ™สำหรับการขจัดการปนเปื้อน EtBr (หมายเลขผลิตภัณฑ์ Z361569) ตลับ Rezorian A161 ขนาด 5 มล. สามารถใช้ในการบำบัดสารละลายมากกว่า 16 ลิตร (1 มก./ลิตร 0.5 ลิตร) ก่อนที่จะเกิดการย้อมสี ตลับล็อค Luer สามารถใช้กับท่อ ID หลอดฉีดยาหรือระบบโครมาโตกราฟีแรงดันต่ำขนาด 4 มม. Extractor ™สำหรับการขจัดการปนเปื้อน EtBr สามารถประมวลผลสารละลายได้ถึง 10 ลิตร (ขนาด 0.5 มก./ ลิตรของ EtBr) แนะนำให้ใช้วิธีการอื่นในการกำจัดสารละลาย EtBr ชนิดน้ำ 26,27,28 เรายังไม่ได้ตรวจสอบและไม่ได้รับรองขั้นตอนเหล่านี้

สินค้าที่เกี่ยวข้อง

เมทิลีนบลู (หมายเลขผลิตภัณฑ์ M4159)ถูกรายงานว่าเป็นคราบทางเลือก 19 Thiazole homodimmer สีส้ม (โมโนเมอร์ = หมายเลขผลิตภัณฑ์ 390062) ถูกระบุว่าเป็น nonmutagenic แต่มีประโยชน์ในการตรวจจับดีเอ็นเอในเจล agarose 20

สำหรับใช้ในการศึกษาเซลล์ dihydroethidium (หมายเลขผลิตภัณฑ์ D7008)หรือที่เรียกว่า hydroethidine เป็นทางเลือกที่เป็นไปได้ มันเป็นรูปแบบที่ลดลงของสีย้อมและถูกแปลง (dehydrogenated) ภายในเซลล์เป็นไอเทมไอออนไอออนซึ่งจากนั้นจะถูก intercalates เป็นดีเอ็นเอ 21,22

เตรียม ethidium bromide

ที่อุณหภูมิห้อง EtBr ละลายในน้ำที่ 10 มก./มล. เพื่อให้สารละลายสีแดง 2 ควรละลายได้ถึง 20 มก./มล. ในน้ำหรือสูงถึง 2 มก./มล. ในเอทานอล 1 สามารถละลายได้ที่ 1 ส่วนใน 750 ส่วน chloroform 3

โซลูชันสต็อกของ EtBr ในน้ำหรือ PBS มีเสถียรภาพอย่างน้อยสองปีที่อุณหภูมิห้องหากได้รับการป้องกันจากแสง 11

การย้อมสีด้วยอิเล็กโทรโฟเรซิสด้วยเอทิเดียมโบรไมด์

ใช้ใน Electrophoresis Staining6

1. สีย้อมมักจะรวมอยู่ในเจลและบัฟเฟอร์อิเล็กโตรโฟเรซิสที่ 0.5 มก./ มล. หมายเหตุ: ความคล่องตัวของอิเล็กโตรโฟเรซิสของดีเอ็นเอสองสายที่ถูกควั่นจะลดลงประมาณ 15% เมื่อมีสีย้อม
2. หากต้องการย้อมสีหลังจากใช้เจลให้จุ่มเจลลงในบัฟเฟอร์อิเล็กโตรโฟเรซิสหรือน้ำ 30-45 ที่มีส่วนผสมของ EtBr (0.5 มก./ มล.) เป็นเวลา 0.5 นาทีที่อุณหภูมิห้อง
3. การย้อมสีเป็นตัวเลือก การตรวจหาดีเอ็นเอในปริมาณน้อย (<1 ng) จะทำได้ง่ายขึ้นหากการเรืองแสงพื้นหลังที่เกิดจากการไม่ถูกผูกมัด EtBr ลดลงโดยการแช่เจลย้อมสีในน้ำหรือ 1 มม. MgSO 4 เป็นเวลา 10 20 นาทีที่อุณหภูมิห้อง

ข้อมูลอ้างอิง

1. Green, F. 1990 . Sigma-Aldrich Handbook of Stains, Dyes and Indicators Aldrich Chemical Co . p. 318..

2. Internal quality control - molecular biology laboratories..

3. 1996 . "Merck Index . 12th ed., #4767.

4. Elliott W. 1963. The effects of antimicrobial agents on deoxyribonucleic acid polymerase. 86(3):562-567. https://doi.org/10.1042/bj0860562

5. Olmsted J, Kearns DR. 1977. Mechanism of ethidium bromide fluorescence enhancement on binding to nucleic acids. Biochemistry. 16(16):3647-3654. https://doi.org/10.1021/bi00635a022

6. Sambrook, Jea. 1989 . Molecular Cloning: A Laboratory Manual . 2nd ed, p 6.15, 6.44 . Cold Spring Harbor Laboratory.

7. Le Pecq J. Use of Ethidium Bromide for Separation and Determination of Nucleic Acids of Various Conformational Forms and Measurement of Their Associated Enzymes.41-86. https://doi.org/10.1002/9780470110393.ch2

8. "Bechtol, Kea. December 1994 . American Biotechnology Lab . p. 8.

9. Boer G. 1975. A simplified microassay of DNA and RNA using ethidium bromide. Analytical Biochemistry. 65(1-2):225-231. https://doi.org/10.1016/0003-2697(75)90507-2

10. Severini A, Richard Morgan A. 1991. An assay for proteinases and their inhibitors based on DNA/ethidium bromide fluorescence. Analytical Biochemistry. 193(1):83-89. https://doi.org/10.1016/0003-2697(91)90046-v

11. Crary, B, Boyrsenko, M. 1986 . Biotechniques . 4, 98-101.

12. Givan, A. Flow Cytometry: First Principles . p. 104 and p. 64,. Wiley-Liss, NY :

13. 1974 . Methods in Enzymology . 32, 239.

14. Watkins TI. 1952. 585. Trypanocides of the phenanthridine series. Part I. The effect of changing the quaternary grouping in dimidium bromide. J. Chem. Soc..3059. https://doi.org/10.1039/jr9520003059

15. Moore SP, Sutherland BM. 1985. A densitometric nondestructive microassay for DNA quantitation. Analytical Biochemistry. 144(1):15-19. https://doi.org/10.1016/0003-2697(85)90077-6

16. El-Hamalawi AA, Stuart Thompson J, Barker GR. 1975. The fluorometric determination of nucleic acids in pea seeds by use of ethidium bromide complexes. Analytical Biochemistry. 67(2):384-391. https://doi.org/10.1016/0003-2697(75)90309-7

17. Karsten U, Wollenberger A. 1977. Improvements in the ethidium bromide method for direct fluorometric estimation of DNA and RNA in cell and tissue homogenates. Analytical Biochemistry. 77(2):464-470. https://doi.org/10.1016/0003-2697(77)90259-7

18. Scaria PV, Shafer RH. 1991. Binding of ethidium bromide to a DNA triple helix. Evidence for intercalation.. Journal of Biological Chemistry. 266(9):5417-5423. https://doi.org/10.1016/s0021-9258(19)67611-8

19. 1989 . Technique: A Journal of Methods in Cell and Molec. Biol . 1, 183-187 . Philadelphia, PA : Saunders Scientific Publications.

20. Wilke, Wea. 1994 . Mod. Pathol . 7(3):385-387 .

21. Quantitative Fluorescent Microassay for Identification of Antiproliferative Compounds2. https://doi.org/10.1093/jnci/77.6.1235

22. Budd SL, Castilho RF, Nicholls DG. 1997. Mitochondrial membrane potential and hydroethidine-monitored superoxide generation in cultured cerebellar granule cells. 415(1):21-24. https://doi.org/10.1016/s0014-5793(97)01088-0

23. Corresponding Safety Data Sheet (SDS)..

24. Joshua H. 1986 . Quantitative adsorption of ethidium bromide from aqueous solution by macroreticular resins . BioTechniques . 4 207–208.

25. Lunn G, Sansone EB. 1991. Decontamination of Aqueous Solutions of Biological Stains. Biotechnic & Histochemistry. 66(6):307-315. https://doi.org/10.3109/10520299109109992

26. Lunn G, Sansone EB. 1987. Ethidium bromide: Destruction and decontamination of solutions. Analytical Biochemistry. 162(2):453-458. https://doi.org/10.1016/0003-2697(87)90419-2

27. 1992 . Communications from M.A. Armour . University of Alberta, Edmonton, Canada – prior to presentation at First Asian Symposium on Academic Activity for Water Treatment Tokyo";

28. ZOCHER R, BILLICH A, KELLER U, MESSNER P. 1988. Destruction of Ethidium Bromide in Solution by Ozonolysis. Biological Chemistry Hoppe-Seyler. 369(2):1191-1194. https://doi.org/10.1515/bchm3.1988.369.2.1191