Mikrobiom
Termín „mikrobiom“ označuje souhrn genomů či genetického materiálu všech mikroorganismů v určitém prostředí, které se nazývá mikrobiota. Lidský mikrobiom představuje souhrn mikrobiomů lidského těla, které se nacházejí především ve střevech a které se značně liší nejen mezi jednotlivými jedinci, ale i v různých anatomických lokalitách. Mezi faktory, které mohou mikrobiom ovlivňovat, patří strava, životní styl, genetika, anatomická lokalita, antibiotika a patogeny.
Products
Výzkum mikrobiomu
V nově se rozvíjející oblasti výzkumu mikrobiomu stojí vědci před výzvou identifikovat a charakterizovat neznámé mikroorganismy, jejichž izolace, kultivace a studium mohou být obtížné. Aplikace analýz mikrobiomu lidí, zvířat a životního prostředí mají potenciál vést k objevu nových terapeutických a přírodních produktů. Naši vědci vytvářejí nová řešení, která vám pomohou kultivovat a/nebo identifikovat mikroorganismy za účelem charakterizace mikrobiálních společenstev.
Abychom umožnili objevování nových mikroorganismů, nabízíme:
- MetaPolyzme pro štěpení obtížně štěpitelných mikroorganismů a izolaci celkové DNA
- Enzymy bez obsahu DNA pro analýzu bez kontaminace
- Vysoce specifické protilátky proti bakteriím a bakteriálním složkám
- Jednotlivé standardy DNA a inaktivované bakterie k zamezení zkreslení a zvýšení reprodukovatelnosti
Mikrobiální média
Mikroorganismy mají rozmanité nutriční požadavky, odlišné metabolické procesy, jsou inhibovány různými sloučeninami a často je lze detekovat pouze pomocí specifických indikačních systémů. Selektivní média umožňují růst pouze určitých druhů nebo kmenů se specifickými vlastnostmi, zatímco neselektivní kultivační média podporují růst širokého spektra organismů. Média s diferenciačním systémem lze použít k identifikaci nebo alespoň k rozlišení mikroorganismů mezi sebou. Pro charakterizaci mikrobiálních společenstev a přípravu DNA nabízíme širokou škálu mikrobiálních médií a surovin.
Standardy mikrobiomu
Technologie sekvenování nové generace (NGS) usnadnila sekvenování mikrobiální DNA ve velkých objemech, což umožňuje komplexní analýzu vzorků mikrobiomu. Aby se předešlo zkreslení a dosáhlo se reprodukovatelnosti při analýze mikrobiomu, je standardizace zásadní. Standardizace je klíčem k budoucnosti výzkumu mikrobiomu a metagenomiky, který může generovat přesná a platná data.
Nabízíme stále se rozšiřující seznam jednotlivých standardů mikrobiomů v podobě mikrobiální DNA a inaktivovaných bakterií, které jsou vhodné pro PCR, sekvenování a NGS. Tyto praktické, okamžitě použitelné jednotlivé standardy přinášejí přidanou hodnotu tím, že poskytují specifickou, na míru přizpůsobenou kontrolu. Tyto ekonomické standardy podporují pracovní postupy v mikrobiomice a metagenomice tím, že zvyšují reprodukovatelnost a umožňují spolehlivé srovnání výsledků z jiných laboratoří.
Protilátky pro výzkum mikrobiomu
Naše portfolio protilátek pro analýzu mikrobiomu zahrnuje vysoce specifické protilátky, které se vážou na bakterie nebo bakteriální složky (např. toxiny, specifické proteiny a lipopolysacharidy) a jsou vhodné pro rozmanité aplikace detekce a izolace specifických bakterií. Mezi klíčové aplikace imunodetekce patří ELISA, Western blot (WB), zobrazování a izolace.
Lytické enzymy bez DNA pro výzkum mikrobiomu
Studium mikrobiálních společenstev prošlo v posledních letech revolucí díky širokému přijetí analytických technik nezávislých na kultivaci, jako je sekvenování genu 16S rRNA a metagenomika. Jelikož kontaminace DNA během přípravy vzorků představuje významný rušivý faktor těchto přístupů založených na sekvencování, jsou nezbytná činidla pro extrakci DNA bez kontaminace DNA. Další významnou výzvou při zpracování vzorků mikrobiomu je obtížná destrukce mikroorganismů – buněčné stěny mohou při zpracování tvořit kapsule nebo odolné spory. DNA lze z mikroorganismů extrahovat pomocí lyzujících enzymů, které indukují částečnou tvorbu sféroplastů. Tyto sféroplasty se následně lyzují, aby se uvolnila DNA. Čištěné lytické enzymy procházejí přísnými testy kontroly kvality, aby bylo zajištěno, že budou bez kontaminace DNA, a budou tedy vhodné pro výzkum mikrobiomu.
Soupravy pro purifikaci mikrobiomové DNA
Aby bylo možné studovat roli mikrobioty pro zdraví lidí, zvířat a životního prostředí, je nutné získat přesné a reprodukovatelné mikrobiální údaje. Je proto zásadní použít vhodnou metodiku pro extrakci mikrobiální DNA. Nastavení optimálního postupu izolace DNA je klíčové pro spolehlivost a reprodukovatelnost výsledků, protože neúčinná extrakce DNA může vést k nesprávné charakterizaci mikrobiální komunity. Naše soupravy pro purifikaci DNA poskytují pohodlné a rychlé metody izolace vysoce kvalitní mikrobiální DNA s vysokým výtěžkem z nejrůznějších vzorků.
Související zdroje
- Článek: Lyzující enzymy
Enzymatic cell lysis and protoplast prep processes demystified, revealing complex enzymatic reactions during sample preparation.
- Článek: Standardy pro analýzu DNA v rámci metagenomického výzkumu mikrobiomových společenstev
Standardy DNA zvyšují integritu metagenomického výzkumu a nabízejí přesné studium druhů a standardy smíšených společenstev.
- Protocol Guide: Generation of Apical-Out Gastrointestinal Organoids
Step-by-step protocol for generating apical-out human gut organoids for microbiome, ADME/Tox, viral and gastrointestinal related disease research. See the complete organoid culture protocol.
- Článek: MetaPolyzyme – enzymy pro lýzu buněk bez DNA určené pro pracovní postupy v oblasti mikrobiomu
Explore the benefits of MetaPolyzyme, DNA free to improve DNA extraction and increase the number of taxa identified in treated samples.
- Článek: Nukleáza Benzonase® pro pracovní postupy v oblasti mikrobiomu
Nukleáza Benzonase® pro snížení obsahu hostitelské DNA v postupech analýzy mikrobiomu a zlepšení identifikace taxonů.